提取混雜樣品中的DNA

時(shí)間：2014-08-21作者：深圳市安必勝科技有限公司瀏覽：140

作者：Michelle Tetreault Carlson 來(lái)源：美國(guó)MoBio實(shí)驗(yàn)室

大多數(shù)情況下選擇一款合適的DNA盒子都很簡(jiǎn)單。如果你要提取肺部組織DNA，就選Tissue DNA Isolation Kit。如果要提取微生物純培養(yǎng)的DNA，選Microbial DNA Isolation Kit。但若你要提取的是肺組織里頭的微生物DNA呢？該選Tissue DNA Isolation Kit，還是Microbial DNA Isolation Kit呢？若要提取土壤樣品中動(dòng)物組織的DNA時(shí)，又該選擇Tissue DNA Kit還是Soil DNA Isolation Kit呢？問(wèn)題有點(diǎn)棘手。這類(lèi)復(fù)雜狀況賬MOBIO技術(shù)支持收到的技術(shù)咨詢(xún)一大部分。針對(duì)這些問(wèn)題，我們一直在研究說(shuō)明書(shū)應(yīng)對(duì)不同場(chǎng)景。下面我們來(lái)探討3種較常見(jiàn)的情景，以及給出了較佳處理辦法。

提取組織樣品中的微生物DNA

使用的試劑盒：UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation Kit 動(dòng)物組織細(xì)胞DNA提取試劑盒

傳統(tǒng)組織試劑盒非常適合提取真核細(xì)胞DNA，但通常對(duì)微生物細(xì)胞提取效果不好。微生物細(xì)胞較難裂解。所以客戶(hù)對(duì)于我們建議使用UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation kit提取感染動(dòng)物組織細(xì)菌或真菌DNA時(shí)都會(huì)倍感驚訝。MOBIO的UltraClean Tissue & Cells DNA Isolation kit一大優(yōu)勢(shì)是采用的珠磨研磨法均質(zhì)化組織。研磨珠套管帶有0.7mm石榴石研磨珠非常適合用于裂解細(xì)胞和真菌細(xì)胞。動(dòng)物組織和微生物DNA用這款試劑盒都能提取到。最后用微生物特意引物擴(kuò)增感興趣的細(xì)菌或真菌DNA即可。

提取土壤或糞便樣品中的組織DNA

使用的試劑盒：PowerSoil或PowerFecal(12830.htm) DNA Isolation Kit（修改說(shuō)明書(shū)）

如果想要提取土壤生物蠕蟲(chóng)或糞便中人的上皮細(xì)胞DNA呢？正常情況下都會(huì)選擇Tissue Kit來(lái)提取真核細(xì)胞DNA。但是土壤和糞便中充滿(mǎn)了各種討厭的PCR抑制因子。一款Tissue Kit不會(huì)包含去除這些東西的化學(xué)試劑。為了有效去除腐植酸和多糖等抑制因子，我們建議使用一款含有**抑制因子去除技術(shù)（IRT技術(shù)）的試劑盒。MOBIO的PowerSoil和 PowerFecal都使用了IRT技術(shù)。這是，新的問(wèn)題又來(lái)了。PowerSoil和PowerFecal Kits是專(zhuān)門(mén)用來(lái)提取微生物DNA的。它們采用珠磨研磨法和去垢劑裂解細(xì)菌及真菌，不含有用于去除細(xì)胞核組蛋白用的蛋白酶K。（原核生物沒(méi)有細(xì)胞核）

解決辦法是在提取過(guò)程中加入蛋白酶K。我們建議在實(shí)驗(yàn)開(kāi)始前往Bead Tube中加入20μl 蛋白酶K（20mg/μl），完成珠磨研磨后立即65℃孵育30min。如果樣品不是一大塊組織，可以減少甚至放棄珠磨研磨。

植物中的細(xì)菌和/或真菌DNA

使用的試劑盒：PowerPlant Pro DNA Isolation Kit，不用修改說(shuō)明書(shū)

PowerPlant Pro DNA Isolation Kit專(zhuān)門(mén)設(shè)計(jì)用于提取各類(lèi)植物組織樣品DNA。跟PowerSoil Kit一樣含有用于去除多糖和腐植酸等抑制因子的IRT技術(shù)。同時(shí)，它還是類(lèi)分離溶液（PSS溶液），在細(xì)胞裂解前加入以防止多類(lèi)成分（黃酮類(lèi)、花青素、木脂素類(lèi)、單寧酸等）與DNA發(fā)生共價(jià)結(jié)合。PowerPlant Pro Kit在提取過(guò)程中也是用了珠磨研磨法，用直徑2.4mm的大個(gè)不銹鋼研磨珠高效破碎植物葉片、莖、根等樣品。

但是，如果你研究的是植物的微生物組學(xué)，需要的不是植物DNA呢？在這種情況下，你可能希望盡可能地減少植物DNA，更多的提取到微生物DNA。植物樣品需要IRT技術(shù)來(lái)去除多糖多，所以Microbial Kit不適合你。然而，細(xì)菌和真菌用類(lèi)似Microbial Kit里頭的小個(gè)頭研磨珠才能較有效裂解。我們通常根據(jù)要提取的是植物內(nèi)部還是表面微生物DNA來(lái)推薦如何修改PowerPlant Pro Kit的珠磨研磨方法。微生物不在植物內(nèi)部，在表面或接近表面，你可以換用0.1mm或0.5mm玻璃研磨珠以盡可能減少植物DNA的釋放。如果微生物深入在植物組織內(nèi)部，此時(shí)仍需要用2.4mm不銹鋼研磨珠來(lái)打碎樣品，在加入0.1mm玻璃研磨珠幫助增強(qiáng)微生物細(xì)胞的裂解。

 


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