Geneious Prime分子生物學和序列分析軟件

時間：2022-09-01

作者：北京天演融智軟件有限公司

解鎖序列數據的值，Geneious Prime通過將原始數據可視化，使序列分析直觀且友好，從而使生物信息學變得通俗易懂。

Sanger測序分析

簡單的序列組裝和輕松編輯重疊序列?；蝾A測、基序、翻譯和變異調用的自動注釋?；蛐臀⑿l(wèi)星跟蹤自動階梯擬合和峰值調用，并生成等位基因表。

下一代測序分析

在高度可定制的序列視圖中顯示帶注釋的基因組和組裝的精美可視化視圖。強大的SNP變異分析、簡單的 RNA-Seq 表達分析和擴增子宏基因組學。

分子生物學

一個步驟模擬分子克隆，包括 Gateway、Golden Gate 和 In-Fusion 克隆。設計和測試PCR和測序引物，并創(chuàng)建自己的可搜索引物數據庫。功能強大的CRISPR工具可以輕松找到網站、設計向導RNAs和分析編輯結果。

NGS預處理、組裝和映射

使用廣泛的NGS預處理工具進行準確的下游分析，并生成清晰的序列數據?？煽康膮⒖紙D譜，*有的圖譜算法和靈活的從頭基因組組裝，以及可用于比較和整理的比對工具。

比對和系統(tǒng)發(fā)育

使用可靠的算法，包括MAFFT和Clustal Omega，執(zhí)行DNA或蛋白質的成對和多重比對。使用**評審的算法（包括RAxML和PAUP*）構建系統(tǒng)發(fā)育樹，并調整顯示設置。

NCBI 和 BLAST

在NCBI的所有關鍵數據庫中快速搜索文獻、DNA和蛋白質序列信息。直接向GenBank提交序列。對 NCBI 數據庫中的序列進行 BLAST 搜索或建立本地數據庫并在本地進行 BLAST搜索。

給予科學研究強大的支撐

數據管理

通過直觀的基于文件夾的管理和無縫集成的共享數據庫，提高流程效率并改進協(xié)作。簡單的拖放操作，用于導入和導出大量常見文件格式，包括GenBank、SnapGene和FASTQ。

用戶自定義

通過我們的插件集合擴展Geneious Prime的功能，這些插件可用于組裝、對齊、系統(tǒng)發(fā)育等。與現有系統(tǒng)集成，并使用高度互操作的API添加您自己的自定義算法。

使用我們可用于組裝、對齊、系統(tǒng)發(fā)育等的插件來集合并擴展 Geneious Prime 的功能。通過與現有系統(tǒng)集成，并使用高度互動操作的 API 來添加您自己的自定義算法。

自動化

創(chuàng)建自己的自動化工作流或使用內置工作流來提高效率并減少人為錯誤。自動化外部數據庫搜索，以連續(xù)接收有關基因組、序列和蛋白質結構的較新信息。

創(chuàng)新

關注并尋找新的方法來較快、較有效地完成科學研究。研發(fā)團隊全年不間斷地工作，以確保Geneious Prime運行良好，并且總有新版本即將發(fā)布。

Geneious Prime 滿足您的各種功能需求

Geneious Prime中提供一系列全面的分子生物學和序列分析工具。

NGS預處理

·導入 Illumina、PacBio 和 NanoPore 讀數

·對單端和雙端數據進行微調、濾波和解復用

·合并配對讀數

·消除重復數據

·糾正錯誤和規(guī)范化

·濾除嵌合體

映射和從頭組裝

·在業(yè)界良好的映射和從頭組裝算法之間輕松切換

·支持Sanger和NGS數據的組裝，包括任意長度的Illumina、PacBio和Oxford Nanopore讀取，包括配對末端讀取和混合組裝

·組裝微生物基因組、質粒和其他環(huán)狀序列時產生環(huán)狀重疊

·基因組比較和MAUVE基因組比對

·映射程序包括Geneious、Geneious for RNA Seq、BBMap、Minimap2、Bowtie2和TopHat

·從頭組裝算法，包括Geneious、SPAdes、Flye、MIRA、Tadpole和Velvet

識別變體和表達分析

·使用Geneious或FreeBayes識別單核苷酸多態(tài)性/變體

·通過同步基因組視圖實時過濾表格結果

·計算并比較映射RNA-seq數據的表達水平

·使用主成分分析和火山圖可視化

序列分析

·修剪、組裝和查看Sanger測序跟蹤文件

·更正基本識別信息并創(chuàng)建共識序列

·注釋主題、ORF和重寫

·預測基因和結構元素

·基于數據庫相似度搜索的實時標注

·動態(tài)翻譯選擇，或顯示注釋或選定幀的翻譯

·序列屬性的動態(tài)圖和統(tǒng)計數據，如pI、分子量、熔點、AA成分等

序列比對

·DNA或蛋白質的多重和成對序列比對，包括全基因組比對

·使用可靠的算法，包括Geneious Aligner、MUSCLE、MAFFT、Clustal Omega、MAUVE和LastZ

·通過實時平移和高亮顯示查看和編輯路線

系統(tǒng)發(fā)育學

·使用Geneious tree builder、MrBayes、PAUP*、PhyML、RAxML等構建樹

·可視化、編輯和標記樹

·交互式距離矩陣查看器

·出版物質量輸出

微衛(wèi)星分析

·導入原始ABI跟蹤文件

·微調、預測和手動調整峰值

·Bin峰值為等位基因

·輸出生成識別等位基因的表格

分子克隆

·查看質粒圖譜，自動注釋載體，并用注釋復制粘貼序列

·一步完成GoldenGate（IIS型）和限制性克隆

·基于同源性的克隆，包括Gibson、GeneArt和In-Fusion

·TOPO克隆

·克隆操作的父/后代血統(tǒng)跟蹤

·密碼子優(yōu)化和反譯

·靜默突變分析，以找到潛在的限制位點來引入

·CRISPR gDNA設計

·模擬PCR、消化和連接

引物設計

·自動設計PCR和測序引物以及雜交探針，以檢測任何靶區(qū)或整個序列

·在序列視圖中輕松添加引物

·設計簡單的和簡并PCR引物

·在設計引物之前、期間或之后，添加和刪除擴展的序列

·引物特異性測試，以檢查模板序列上的其他結合位點

數據管理和協(xié)作

·拖放導入文件和文件夾，包括矢量NTI數據庫

·將元數據從電子表格導入到序列和其他文檔

·智能NGS導入功能–一步導入任何類型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件

·直觀的基于文件夾的項目組織

·無縫集成的共享數據庫

·快速搜索數據庫中的所有序列和元數據

·廣泛的導出選項

搜索和BLAST

·直接訪問NCBI公共BLAST數據庫

·**本地數據庫的自定義BLAST

·集成搜索外部數據庫，包括GenBank和UniProt

·直接將序列上傳到GenBank

·在PubMed中搜索文獻

·針對本地或共享數據庫的**搜索

自動化工作流

·使用可視化編輯器創(chuàng)建用于自動批量分析的工作流

·用于執(zhí)行通道的20多個內置工作流，包括將變體應用于參考序列、地圖讀取、然后查找SNP和隨機采樣序列

·通過編寫自定義代碼工作流來擴展功能

API和開發(fā)者

? 使用插件開發(fā)工具包添加**功能或與其他系統(tǒng)集成

? 添加您較喜歡的算法、數據庫或可視化

? 包裝一個命令行程序以通過Geneious Prime GUI運行

系統(tǒng)需求

Windows:

Windows 7, 8, 8.1, 10 and 11.

Note that 32-bit Windows is not supported for Geneious Prime 2020 and above.

Note: These plugins are not supported on Windows: TopHat, Velvet Optimiser

Note: Use of Spades and the Flye plugin requires Windows 10 with Windows subsystem for Linux installed.

Linux:

Geneious R10 and higher: Ubuntu Desktop LTS (18.04 and 20.04).

Geneious R9 and earlier: Ubuntu Desktop LTS 16.04

Note that 32-bit linux is not supported for Geneious R10 and above.

MacOS:

Supported Apple operating systems vary depending on the version of Geneious you are running, as follows:

Geneious Prime 2020-2022: MacOS 10.11 and higher.

Geneious Prime 2019: MacOS 10.8 - 10.15*

Geneious R10 and R11: MacOS 10.8 - 10.14

Geneious R9: MacOS 10.6 - 10.14. Users on OS 10.6 will need to install Java 6

Geneious 5.5-8.1: Mac OS 10.6 - 10.11, requires installation of Java 6

*Only Geneious Prime 2019.2.3. onwards is fully compatible with MacOS Catalina and above.

北京天演融智軟件有限公司（科學軟件網）是Geneious軟件在中國的授權經銷商，為中國的PSCAD/EMTDC軟件用戶提供優(yōu)質的軟件銷售和培訓服務。

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