CodonCode Aligner 11.0現(xiàn)已推出

時(shí)間：2023-08-11作者：北京環(huán)中睿馳科技有限公司瀏覽：25

CodonCode Aligner是一款易于使用的程序，用于序列組裝、重疊群編輯和突變檢驗(yàn)。CodonCode Aligner 11.0現(xiàn)已推出。




CodonCode Aligner 11.0的新增功能：




CodonCode Aligner 11.0版添加了Gibson Assembly、注釋通用功能、序列開始的自動(dòng)同步等等。




Gibson Assembly


對(duì)虛擬Gibson Assembly的支持允許您使用至多15個(gè)片段來模擬克隆實(shí)驗(yàn)。




載體、片段和產(chǎn)物序列可以顯示為線性或圓形圖，或在基礎(chǔ)水平上。使用多個(gè)簡單選項(xiàng)之一選擇要克隆的區(qū)域，例如單擊功能、反轉(zhuǎn)現(xiàn)有選擇、選擇酶、輸入堿基數(shù)或僅使用Shift鍵單擊。




視圖左側(cè)的工具欄按鈕包含用于改顯示的圖譜、特征和酶的選項(xiàng)，例如僅顯示預(yù)定義的特征。




至多添加15個(gè)片段，并根據(jù)需要對(duì)其進(jìn)行修改、排序或刪除。




根據(jù)您的Tm和重疊設(shè)置自動(dòng)選擇理想引物。您還可以手動(dòng)編輯引物，例如添加間隔物或根據(jù)需要調(diào)整讀碼框。




圖形概覽顯示您的載體、片段、引物和產(chǎn)品。




在克隆實(shí)驗(yàn)期間，選擇直接導(dǎo)出引物和片段以及在CodonCode Aligner項(xiàng)目中創(chuàng)建哪些序列。




查找并注釋共同特征

對(duì)Aligner11中功能的好支持包括檢驗(yàn)和注釋質(zhì)粒中常見特征的選項(xiàng)。設(shè)置特征的相似度百分比以查找并選擇要注釋的特征：





上面的示例顯示了查找和注釋具有至少95%同一性的共同特征之前和之后的向量。




同步啟動(dòng)

同步循環(huán)序列起始位置的功能可以輕松排列和比較相似的樣本。下面的示例顯示了兩個(gè)向量，它們具有一些相似之處，但在同步開始之前和之后的開始位置不同：




如果您愿意，現(xiàn)在還可以手動(dòng)設(shè)置起始基準(zhǔn)，而不是使用自動(dòng)同步功能。




多的...

從GFF文件導(dǎo)入特征

設(shè)置循環(huán)序列的起點(diǎn)

好地對(duì)齊圓形序列

導(dǎo)入近來的文件


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