重磅丨譜尼生物醫(yī)藥聯(lián)合中國科學(xué)院上海藥物研究所推出人工智能靶標(biāo)預(yù)測及虛擬篩選項(xiàng)目

時(shí)間：2024-05-11作者：黑龍江譜尼測試科技有限公司瀏覽：5

譜尼生物醫(yī)藥與中國科學(xué)院上海藥物所有著廣泛的合作，近日，譜尼生物醫(yī)藥聯(lián)合中國科學(xué)院上海藥物研究所共同推出D3CARP靶標(biāo)預(yù)測及虛擬篩選項(xiàng)目。藥物篩選中人工智能技術(shù)的引入，可較大提高整個(gè)藥物研發(fā)流程的運(yùn)行效率，協(xié)助藥企開發(fā)更高質(zhì)量的藥物，進(jìn)一步增強(qiáng)藥企的產(chǎn)業(yè)競爭優(yōu)勢。

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項(xiàng)目介紹

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靶標(biāo)預(yù)測：

針對某個(gè)小分子化合物，采用分子對接方法、配體相似性搜索方法和深度學(xué)習(xí)模型共三種方法進(jìn)行靶標(biāo)預(yù)測，其中分子對接方法包含9352個(gè)對接模型、配體相似性搜索包含3836個(gè)靶標(biāo)、深度學(xué)習(xí)模型包含5901個(gè)靶標(biāo)。根據(jù)要求，可分別報(bào)告前100個(gè)較可能的預(yù)測靶標(biāo)或排名前1%的較可能預(yù)測靶標(biāo)，并提供分子對接獲得的較優(yōu)結(jié)合構(gòu)象及陽性化合物的結(jié)合模式。

虛擬篩選：

根據(jù)用戶提供的小分子化合物結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和目標(biāo)靶標(biāo)信息，可遴選D3CARP平臺(tái)中分子對接方法、配體相似性搜索方法或深度學(xué)習(xí)模型方法，開展虛擬篩選，報(bào)告虛擬篩選結(jié)果并提供分子對接預(yù)測的復(fù)合物結(jié)構(gòu)信息及陽性化合物的結(jié)合模式。

技術(shù)背景

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靶標(biāo)預(yù)測與虛擬篩選將采用中國科學(xué)院上海藥物研究所整合了基于物理和數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的計(jì)算方法，構(gòu)建的綜合性靶標(biāo)預(yù)測與虛擬篩選平臺(tái)D3CARP。平臺(tái)可以用于預(yù)測化合物的潛在作用靶標(biāo)，以及針對給定靶標(biāo)虛擬篩選活性化合物，相關(guān)成果發(fā)表在Computers in Biology and Medicine雜志上。

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研究人員基于D3CARP中收集的近百萬個(gè)活性化合物和5901種潛在靶標(biāo)信息，分別構(gòu)建了二維/三維配體相似性搜索和深度學(xué)習(xí)模型。考慮到蛋白質(zhì)口袋的柔性和誘導(dǎo)契合效應(yīng)，研究人員針對1970種靶標(biāo)構(gòu)建了9352個(gè)分子對接模型，平均每個(gè)靶標(biāo)有5個(gè)構(gòu)象。D3CARP平臺(tái)支持多種計(jì)算方法進(jìn)行DTIs預(yù)測，各計(jì)算模塊提供了相應(yīng)陽性化合物作為參考，并對靶標(biāo)注釋了疾病信息，以支持用戶選擇特定疾病相關(guān)靶標(biāo)開展進(jìn)一步的DTIs研究。

根據(jù)類藥五規(guī)則，D3CARP配體庫中有62.6%的化合物具有可成藥性。并且配體庫較好地覆蓋了上市、臨床在研和實(shí)驗(yàn)階段藥物的化學(xué)空間，包括物理化學(xué)性質(zhì)、分子結(jié)構(gòu)類型以及3D分子形狀。在D3CARP靶標(biāo)和疾病庫中，有1447種靶標(biāo)為**靶標(biāo)，關(guān)聯(lián)了2168種疾病類型。

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D3CARP中化合物的物理化學(xué)性質(zhì)和結(jié)構(gòu)分布。（A-F）MW、TPSA、LogP、HBA、HBD和nRotB分布；（G-I）D3CARP和DrugBank的PCA化學(xué)空間、t-SNE化學(xué)空間和PMI形狀多樣性分布。





關(guān)于譜尼生物醫(yī)藥

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譜尼生物醫(yī)藥致力于成為**藥物開發(fā)一站式服務(wù)平臺(tái)，打造集藥物設(shè)計(jì)、藥物合成、工藝開發(fā)、藥物生產(chǎn)、藥物活性篩選、制劑研究、藥效學(xué)研究、藥代動(dòng)力學(xué)研究、毒理學(xué)研究以及新藥注冊為一體的綜合技術(shù)平臺(tái)，為醫(yī)藥研發(fā)、生產(chǎn)及檢測提供專業(yè)優(yōu)質(zhì)的一站式服務(wù)。

實(shí)驗(yàn)室研發(fā)團(tuán)隊(duì)核心人員擁有**過20余年國際大型藥企、CRO研發(fā)經(jīng)驗(yàn)，多次參與制定毒理學(xué)領(lǐng)域國家和行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)以及CNAS和新藥評審及指導(dǎo)原則，在多手性中心藥物合成、多步驟藥物合成、緩控釋制劑技術(shù)、脂質(zhì)體技術(shù)、納米制劑技術(shù)、低限度物質(zhì)檢測、未知物質(zhì)檢測、藥效藥代和臨床前毒理安全性評價(jià)等領(lǐng)域積累了豐富的研發(fā)和產(chǎn)業(yè)化經(jīng)驗(yàn)。

上海生物醫(yī)藥實(shí)驗(yàn)室具備CMA、CNAS資質(zhì)，嚴(yán)格按照GMP、GLP要求執(zhí)行，并得到了國內(nèi)和國際藥品管理部門的認(rèn)可。其生物醫(yī)藥實(shí)驗(yàn)室設(shè)施面積達(dá)38000㎡，達(dá)到生物二級(jí)建設(shè)要求，建立了符合國際標(biāo)準(zhǔn)的安全評價(jià)研究體系。

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