獲取糞便、植物組織、水樣、生物薄膜miRNA

時間：2020-01-05

來源：深圳市安必勝科技有限公司轉(zhuǎn)載請注明出處

我們知道許多客戶喜歡篩選某些特定的RNA。因為，大多數(shù)關(guān)于RNA方便的技術(shù)咨詢涉及到希望保留或者去除特定種類的RNA。雖然并不是每次都能獲得你想要的RNA，但只要在提取過程中稍作調(diào)整，可能就能獲得你說需要的，在之前的一篇文章中，我們已經(jīng)討論了如何在使用我們的組織提取試劑盒時保留小片段RNA。

許多客戶已經(jīng)開始把研究方向轉(zhuǎn)向提取復(fù)雜樣品（又叫dirtier）的RNA，我們覺得，是時候介紹一下我們較新的RNA試劑盒了：PowerMicrobiome RNA、PowerPlant RNA、PowerWater RNA和PowerBiofilm RNA。這四款試劑盒都同樣使用了兩種溶液的混合物來把細胞裂解物中的RNA綁定吸附到硅膠離心柱上。就是這兩種溶液的比例決定了被綁定吸附的RNA的分子量，已經(jīng)最后被提取出來的RNA的大小。小于臨界點大小的所有RNA會被沖洗掉。分子量大于臨界點的RNA會留在離心柱上，最后被洗脫下來。你可以調(diào)整綁定液來改變臨界點，但你肯定會丟失掉小于臨界點的所有小分子RNA。

那如何應(yīng)用在實際操作中呢？首先，我們先來了解一些細胞中RNA的類型與大小。核糖體RNA（rRNA）是你能提取的較豐富的RNA類型。因為，它在每個細胞的總RNA中占80%。在原核細胞中，你可以找到三種不同的rRNA：23S (2906 nt)、16S (1542 nt)和5S (120 nt)。真核細胞中分別是：28S (5070 nt)、18S (1869 nt)、5.8S (156nt)和5S (121 nt)。若用跑1%瓊脂糖凝膠電泳，你能看到兩條平行的rRNA亮帶。細胞中*二豐富的RNA（~15%）是轉(zhuǎn)運RNA（tRNA）。tRNA在核糖體中用于把密碼子翻譯成氨基酸順序。通常很小，只有70-90個核苷酸。

*三樣常見的RNA，也可能是我們客戶常關(guān)注的信使RNA（mRNA）。mRNA是用于把遺傳密碼從基因組傳遞到核糖體用于蛋白合成。一次它的平均分子量因要編碼的蛋白不同，大小差異較大。平均大小是2000個核苷酸，你也能找到小至500，大至14000的。不幸的是，如此寬的范圍使得我們無法通過大小來進行篩選。電泳上，只能跟rRNA混在一起成彌散狀。細胞中余下的RNA，包括microRNA（miRNA，~22核苷酸），在真核細胞中用于基因調(diào)控，或者小分子干擾RNA（siRNA，20-25bp），可阻止某些基因的表達。

好吧，這里是少見消息。如果按照說明書標(biāo)準(zhǔn)操作，你提取到的都是大于60個核苷酸的RNA。這意味著你得到了rRNA、mRNA或tRNA，但丟掉了miRNA和siRNA。為了獲得這部分較小的RNA，你需要使用可選的吸附綁定混合溶液來減少RNA分子的剪切。標(biāo)準(zhǔn)的綁定液是由一份體積的綁定溶液（不同試劑盒，有可能是PM3、PR3、PWR3或BFR4），1體積**，1體積裂解物，組成1：1：1混合物。為了減少RNA分子的剪切，你需要增加一份**，混合物比例變成1：2：1。這樣，你就可以回收到樣品中的絕大部分RNA了。相反，若要增加RNA分子的剪切，則把混合物中的那份**換成70%。這樣你就可以只回收mRNA和兩倍大的rRNAs了。如果你在研究mRNA，這樣就能一定程度上減少背景RNA干擾。

你可能已經(jīng)有點迷糊了，所以我們做了個簡易圖表來幫助理解。你可以根據(jù)不同試劑盒選擇相應(yīng)的吸附綁定方法。這些試劑盒都已經(jīng)包含了我們較厲害的因子去除技術(shù)（IRT）。請注意，這些技術(shù)不能應(yīng)用于我們的RNA PowerSoil Kit或者UltraClean Microbial RNA Kit。若還有其它疑問，請聯(lián)系我們。

參考文獻：

Molecular Cell Biology. 4th edition. Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al. New York: W. H. Freeman; 2000.

	RNA Isolated
	mRNA,16S/23S rRNA	tRNA,mRNA, 5S/16S/23S rRNA	miRNA,siRNA, tRNA,mRNA, 5S/16S/23S rRNA
PowerMicrobiome Binding Mixture	1 vol PM3 1 vol 70% EtOH 1 vol lysate	1 vol PM3 1 vol PM4 1 vol lysate	1 vol PM3 2 vol ** EtOH 1 vol lysate
PowerPlant Binding Mixture	1 vol PR3 1 vol 70% EtOH 1 vol lysate	1 vol PR3 1 vol PR4 1 vol lysate	1 vol PR3 2 vol ** EtOH 1 vol lysate
PowerWater Binding Mixture	1 vol PWR3 1 vol 70% EtOH 1 vol lysate	1 vol PWR3 1 vol PWR4 1 vol lysate	1 vol PWR3 2 vol ** EtOH 1 vol lysate
PowerBiofilm Binding Mixture	1 vol BFR4 1 vol 70% EtOH 1 vol lysate	1 vol BFR4 1 vol BFR5 1 vol lysate	1 vol BFR4 2 vol ** EtOH 1 vol lysate

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