輕敲木頭--提取真菌DNA

時(shí)間：2020-01-05作者：深圳市安必勝科技有限公司瀏覽：668

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本周技術(shù)貼很有趣，正如我們所知道的，沒(méi)有兩份相同的環(huán)境樣品。被研究的微生物可能處于任何環(huán)境，其生存基質(zhì)就成了大麻煩。所以很難選到一種好的DNA提取方法。還好，在MOBIO我們見(jiàn)識(shí)過(guò)、聽(tīng)說(shuō)過(guò)幾乎所有類(lèi)型的環(huán)境樣品，而且知道如何處理。

舉以下一個(gè)例子……

你好MO BIO技術(shù)部，

我正在考慮用你們的PowerSoil Kits做我的實(shí)驗(yàn)。事實(shí)上我并不是要提取土壤DNA，而是提取外界環(huán)境中已經(jīng)有真菌繁殖的木頭和紙片的真菌DNA。

聽(tīng)說(shuō)需要結(jié)合PowerLyzer研磨機(jī)使用PowerSoil Kit真菌細(xì)胞才能充分破壁，并完全去除木頭和紙片的腐植酸。

不過(guò)，我擔(dān)心的是可能在這類(lèi)樣品中含量很高的多糖多。"Inhibitor Removal Technology"能去除掉這些抑制因子嗎？是否能告訴我這款盒子足可以對(duì)付基質(zhì)富含多糖多的樣品？如果可以，操作步驟上需要做修改嗎？

謝謝！

使用小直徑研磨珠的PowerSoil和PowerLyzer Soil DNA Isolation Kits可裂解微生物和真菌細(xì)胞的同時(shí)較大程度減少植物細(xì)胞DNA污染，常用來(lái)做植物根部和根際微生物研究。真菌細(xì)胞需要較強(qiáng)力的裂解，我們建議使用采用0.1mm玻璃研磨珠，在強(qiáng)力珠磨研磨設(shè)備輔助下有較高裂解效率的PowerLyzer PowerSoil Kit。再上一篇博文有討論過(guò)具體細(xì)節(jié)。

來(lái)信問(wèn)題里頭，樣品是一種富含多的木頭和主要成分為纖維素紙漿的紙。除了采樣時(shí)可能會(huì)混進(jìn)來(lái)的土壤和碎片，這類(lèi)基質(zhì)含有更多的抑制因子。PowerLyzer PowerSoil Kit非常值得一試。

當(dāng)然，也有另一種較加高效提取這類(lèi)樣品的試劑盒，PowerPlant Pro DNA Isolation Kit。新推出的PowerPlant Pro是PowerPlant Kit 的快速提取版。PowerPlant Pro也含有PowerPlant Kit一樣的IRT技術(shù)，只是新增加了一個(gè)抑制因子去除試劑盒，叫多分離溶液（PSS）。使用發(fā)現(xiàn)，對(duì)富含多的植物樣品，DNA得率得到了較大的提高（相對(duì)于不使用），尤其是本例中富含木質(zhì)素的木頭和紙片。加入PSS溶液可使IRT步驟過(guò)程中，核酸與粘稠的多類(lèi)分離開(kāi)，始終保持溶解狀態(tài)。多去除干凈了，留下DNA，純凈DNA的得率得到提高。

對(duì)于木頭和紙片樣品，加入PSS溶液可使真菌DNA得率增加，所以建議嘗試PowerPlant Pro Kit。

需要注意的是，PowerPlant Pro Kit為了提高對(duì)堅(jiān)硬樣品如木頭之類(lèi)的研磨效果，使用了不同的研磨珠套管：2.38mm不銹鋼研磨珠。高效地破碎木頭釋放出潛藏的微生物同時(shí)也增加了植物DNA的抽提。若所需的微生物并不在木頭組織里頭，而是在外層或靠近外層，改用0.1mm或0.5mm玻璃研磨珠，可較大程度減少植物DNA的污染。是否要更換研磨珠套管視樣品而已，較好多嘗試幾種方案，找出較好的方法。

記住，我們會(huì)試遍所有東西，包括研磨珠套管。所有非常鼓勵(lì)你也去嘗試各種方法，研究出自己的操作流程。

你的樣品*一**，有時(shí)需要嘗試各種類(lèi)型研磨珠或試劑盒才能獲得較佳的結(jié)果。若需要幫助，請(qǐng)隨時(shí)聯(lián)系我們。

 


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