手部微生物組學：你真正的DNA指紋

時間：2020-01-05

作者：Suzanne kennedy 來源：美國MoBio實驗室

遠在100年前，我們就已經知道每個人都有*一**的指紋，還有*一**的基因序列?，F(xiàn)在，通過人體微生物組計劃（Human Microbiome Project）我們還知道，不但每個人體內微生物群落不一樣，連皮膚上的也相差甚遠。來自科羅拉多大學菲勒實驗室的博士后勞伯與我們分享他們揭秘皮膚微生物群落進行的有趣工作。

問：較近你們研究小組在PNAS上發(fā)表了一篇文章，展示了通過比較手和電腦鍵盤上的細菌群落能推斷一個人接觸了什么物品，你們是怎么想到要做這方面的研究的？

答：早期工作中，我們研究了不同人手上的微生物多樣性，以及他們在洗手或擦拭酒精后短時間內的細菌群落變化。我們很驚訝的發(fā)現(xiàn)，參與測試的每個人手上都有一個*一**的細菌群落，并且在洗手后兩個小時內就能重新恢復。即使是用酒精洗，原來的細菌能很快重新生長并且保持群落結構不變。菌群如此快速恢復，我們猜測細菌可能轉移到了我們經常接觸的物體上。

問：人與人之間的細菌群落有多不一樣？住在同一個屋檐下的人，或者父母小孩之間的細菌群落會有共同點嗎？

答：需要做進一步的工作來確定血緣關系和親近度是如何影響細菌群落的。然而，目前我們所有的工作表明幾乎所有人的細菌群落都相對*一**?，F(xiàn)在我們在測定相對健康志愿者的微生物組。較終我們希望能找到人體細菌群落的改變與疾病狀況的關聯(lián)。

問：每個人的微生物群落會隨時間改變？

答：目前我們測定的是單個時間點的相對健康志愿者的微生物組。我們將來的計劃會包括具有更多年齡層次和健康狀背景的志愿者。較終我們希望找出人體細菌群落的改變與結腸癌、腸易激綜合征和克羅恩病等疾病之間的聯(lián)系。

問: MO BIO的產品如何協(xié)助你的工作？

答：MO BIO的PowerSoil 試劑盒提取的DNA跑PCR成功率非常高。95%的DNA樣品都能在我們的PCR體系中成功擴增。而其它商業(yè)試劑盒只能做到50%的成功率。我們所有的樣品都用這款盒子進行提取。另外，環(huán)境中微生物DNA到處都是，用DNA-Free PCR水是避免非特異性反應的另一個關鍵。

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相關文獻：Related papers include:

· Dominguez-Bello, M.G., E.K. Costello, M. Contreras, M. Magris, G. Hidalgo, N. Fierer, R. Knight. In Press. Delivery mode shapes the acquisition and structure of the founder microbiota across multiple body habitats in newborns. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Jun 2010; 10.1073/pnas.1002601107.

· Fierer, N., C.L. Lauber, N. Zhou, D. McDonald, E.K. Costello, R. Knight. 2010. Forensic identification using skin bacterial communities. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 107: 6477-6481.

· Costello, E.K., C.L. Lauber, M. Hamady, N. Fierer, J.I. Gordon, R. Knight. 2009. Bacterial variation in human body habitats across space and time. Science. 326: 1694-1697

· Fierer, N. M. Hamady, C.L. Lauber, R. Knight. 2008. The influence of sex, handedness, and washing on the diversity of hand surface bacteria. Proc. Natl. Acad. Sci, USA. 105: 17994-17999.

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