Beacon Designer 為qPCR檢驗設計**和高效的oligos

時間：2020-12-07

作者：北京天演融智軟件有限公司

自動化實時PCR引物和探針設計

Beacon Designer可以自動設計實時引物和探針。它被世界各地的分子生物學家用來設計成功的實時PCR分析。它節(jié)省了很多失敗的實驗所浪費的時間和金錢。Beacon Designer是實時引物和探頭設計的靈活的解決方案。

具體而有效的設計：Beacon Designer如何使其成為可能

您可以在程序中使用BLAST搜索序列并搜索模板結構。在設計引物和探針時使用這兩種搜索的結果。在設計過程中，會自動避免出現(xiàn)明顯的交叉同源性和模板結構的區(qū)域。

可用的設計選項

SYBR Green試驗設計

SYBR Green可能是實時PCR化學中較常用的。Beacon Designer設計SYBR Green PCR引物，幫助您評估預先設計的SYBR Green PCR引物集。您可以完全控制設計參數(shù)，或者您可以使用默認值，在經(jīng)過大量的研究和與*的交流之后選擇。您甚至可以為您的特定研究需求選擇您自己的默認設計參數(shù)。

除了在感興趣的基因上定位引物外，信標設計者還可以設計外顯子或外顯子內(nèi)含子連接的引物。這些引物設計的外顯子內(nèi)含子連接有助于選擇性幫助從gDNA選擇性擴增cDNA。

HRMA試驗設計

Beacon Designer為突變檢測提供了一個綜合解決方案。高分辨率熔解分析（HRMA）是一種比基于**腺的基因型分析較具有成本效益的方法。該程序使用專有算法，可以設計出檢測突變的較佳引物。

高分辨率的熔解分析引物被設計成側翼感興趣突變，產(chǎn)生具有可檢測的熔融溫度變化的較短可能的擴增子。引物設計避免了模板二級結構，保證有效引物延伸。設計的HRMA引物可以在NCBI的核苷酸數(shù)據(jù)庫中進行搜索，以檢驗其特異性。還可以對預先設計或發(fā)布的引物進行分析。

雙標記探針的設計

Beacon Designer目前支持四種基于探針的化學物質(zhì)：

TaqMan探針

使用Beacon Designer優(yōu)化TaqMan探針，幫助您研究差異基因表達或使用TaqMan SNP基因型檢驗研究SNP（單核苷酸多態(tài)性）。您也可以選擇設計越來越流行的鎖定核酸（LNA）取代TaqMan探針，這些探針比標準TaqMan探針較穩(wěn)定。為了研究DNA甲基化，Beacon Designer幫助設計引物和TaqMan探針進行甲基化分析。甲基光是一種高通量分析，用于區(qū)分甲基化和非甲基化DNA。使用Beacon Designer，通過設計甲基化和未甲基化鏈的寡核苷酸，以及未經(jīng)處理的DNA序列，可以設計合適的控制引物和探針。有了這些化學物質(zhì)，您可以評估預先設計的引物或TaqMan探針。設計結果按順序排列，給您一個可供選擇的替代品列表。根據(jù)oligo的屬性分配等級。

Molecular Beacons

為NASBA檢驗設計或評估標準的分子信標或分子信標。NASBA是一種引物依賴技術，可用于在同一溫度下單個混合物中連續(xù)擴增核酸?，F(xiàn)在您可以為單分子模板或多重反應的分子信標設計NASBA檢驗。

Scorpions

Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設計。Scorpions的分析是很重要的，它們與探針的酶切割無關。引物和探針元件在反應過程中物理耦合。

FRET探針

Beacon Designer支持設計和評估預先設計的FRET探針。與預先設計的SYBR Green引物兼容的FRET探針可以在Beacon Designer中設計。

多路實時PCR檢驗

有了Beacon Designer，您可以設計基于TaqMan的多路復用實時PCR檢驗，包括參考基因選擇。

功能特征

SYBR Green引物設計

TaqMan探針設計

多路實時PCR檢驗設計

HRMA引物設計

MethyLight TaqMan設計

分子信標的設計

NASBA檢驗設計

FRET探針設計

Scorpions設計

避免交叉同源性-針對特定的Oligo設計

避免模板結構——提高引物效率

Oligo評級

系統(tǒng)需求

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